Analyses de base BQC19
Analyses
d'échantillons
La BQC19 réalise une série d’analyses sophistiquées sur ses propres échantillons, ce qui permet aux chercheurs d’obtenir des données expérimentales multiomiques générées à partir d’un large ensemble d’échantillons et ce, à faible coût. Les résultats de ces analyses peuvent être obtenus en déposant une demande d’accès aux données de la BQC19.
Les analyses d’échantillons incluent :
- Analyses protéomiques
- Analyses métabolomiques
- Analyses immunosérologiques
- Analyses transcriptomiques
- Analyses génomiques
- Analyses de laboratoire cliniques réalisées sur la plateforme ROCHE
Analyses protéomiques - Somascan
Cette technologie permet de détecter avec haute sensibilité et spécificité, grâce à une technologie basée sur l’utilisation de sondes d’ADN (aptamères), près de 5 000 protéines dans un seul échantillon de plasma sanguin.
Analyses protéomiques - Olink Target 48
Cette technologie est une plateforme de protéomique qui utilise la méthode proximity extension assay (PEA) pour mesurer simultanément des centaines de protéines avec une grande précision. La technologie Olink T48 Cytokine panel a été sélectionnée afin de quantifier avec grande sensibilité et spécificité 48 cytokines simultanément dans de faibles volumes de plasma.
Analyses métabolomiques
La plateforme Metabolon permet d’obtenir une vue d’ensemble des processus biologiques d’un échantillon en mesurant 12 000 métabolites en combinant la chromatographie en phase liquide de très haute performance et la spectrométrie de masse en tandem.
Analyses immunosérologiques
Le laboratoire d’Andrès Finzi au CR-CHUM a développé des tests ELISA spécifiques qui permettent la détection d’anticorps contre SRAS-CoV-2 afin d’évaluer la réponse immunitaire des individus.
Séroneutralisation
En mesurant le nombre de plages de lyse dans des cellules hôtes après l’ajout de virus aux échantillons de plasma de la BQC19, les scientifiques du Laboratoire national de microbiologie (NML) peuvent quantifier les titres d’anticorps neutralisants d’un individu.
Analyses transcriptomiques
De nombreuses études sur les maladies virales, dont la COVID-19, ont identifié des liens entre les signatures moléculaires dans les cellules sanguines et l’issue de la maladie. L’ARN, extrait du tube PAXgene prélevé lors de la même visite que celle de l’échantillon de plasma utilisé pour les autres tests, est analysé par séquençage standard à lecture courte sur les ARN poly-A au Centre génomique de McGill.
Analyses génomique de l'hôte
Le séquençage complet du génome (WGS) et le génotypage (GWAS) sont réalisés sur l’ADN génomique extrait à partir du sang complet. Ces analyses comprennent l’identification des variantes génétiques dans le génome hôte ainsi que le nombre de copies de certains gènes (séquençage pangénomique) de même que les variations génétiques communes à l’ensemble du génome (génotypage GWAS)
Analyses génomiques virales
Le séquençage génomique de SRAS-CoV-2 est réalisé par le Laboratoire de santé publique du Québec (LSPQ) sur certains prélèvements positifs. L’objectif est d’identifier la lignée exacte du variant pour suivre l’évolution des variants circulants au Québec. Les variants du virus de certains prélèvements de la BQC19 ont pu être documentés.
Analyses de laboratoire cliniques réalisées sur la plateforme ROCHE
Ces analyses fourniront des tests sanguins normalisés développés par le panel Roche Diagnostics. Elles fourniront des valeurs de référence pour les troubles hépatiques, cardiaques et rénaux, ainsi que des paramètres standards de l’inflammation mesurés sur les échantillons de plasma.
