Matériel biologique
Échantillons
de qualité
La mission principale de la BQC19 est de fournir à la communauté scientifique des échantillons biologiques et des données cliniques et expérimentales provenant de patients atteints de COVID-19 ainsi que de participants témoins. Pour garantir la qualité et l’uniformité des échantillons, la BQC19 a mis en place des procédures de laboratoire standardisées pour la collecte de matériel biologique, appliquées de manière cohérente dans tous ses sites participants.
Les prélèvements
La collection optimale des prélèvements sanguins réalisés dans le cadre de la BQC19 comprend un tube PAXgene©, trois tubes ACD et un tube à bouchon rouge ou SST. Les échantillons doivent rester à température ambiante avant leur traitement, avec un délai idéal de moins de 6 heures entre la collecte et le traitement, bien qu’un délai maximal de 12 heures soit toléré pour la plupart des analyses. Les délais supérieurs à 12 heures compromettent la fiabilité de nombreuses analyses.
Les types d’échantillons biologiques
La BQC19 propose une diversité d’échantillons biologiques dérivés de prélèvements sanguins, incluant :
- ARN extrait de tubes PAXgene©
- ADN extrait du sang complet sur ACD
- Sérum provenant de tubes à bouchon rouge ou SST
- Plasma provenant de tubes ACD
- Cellules mononucléées du sang périphérique provenant des tubes ACD
La BQC19 propose aussi des échantillons spécifiques (plasma hépariné et plasma sur EDTA) collectés de manière limitée à partir de prélèvements cliniques résiduels. Les prélèvements pédiatriques offrent également des échantillons spécifiques en quantités restreintes.
Les échantillons sont répartis entre les collections provinciales et locales selon des proportions définies dans le cadre de gestion. Les résultats des analyses effectuées sur ces échantillons doivent être transmis à la BQC19, enrichissant ainsi la base de données partagée avec la communauté scientifique.
ARN
La collecte de sang complet pour la BQC19 est réalisée dans des tubes PAXgene©, où 2,5 ml de sang sont prélevés dans un milieu conservateur pour préserver l’ARN.
Ces tubes sont d’abord stockés à température ambiante pendant 24 heures, puis transférés à -20 ºC pendant une journée avant d’être entreposés à -80 ºC pour une conservation à long terme.
L’ARN est extrait au Centre génomique de McGill, selon les protocoles de QIAGEN, produisant un éluat d’environ 80 µl avec une concentration moyenne de 116 ng/µl. Les extraits d’ARN seront fournis en fonction des besoins des chercheurs et de la quantité d’ARN disponible.
Des analyses de transcriptomiques ont été faites par la BQC19. Les résultats sont disponibles via une demande d’accès aux données.
ADN
Les prélèvements sanguins pour l’extraction d’ADN dans la BQC19 sont réalisés dans des tubes ACD, au moment du recrutement des participants.
Le sang complet est transféré dans un tube unique et deux aliquotes de 0,5 ml sont recueillies dans des tubes de cryoconservation pour l’extraction d’ADN. Ces échantillons sont stockés à -80 ºC.
L’extraction de l’ADN est effectuée au Centre génomique de McGill à partir de 0,4 ml de sang complet en utilisant la méthode Perkin Elmer Chemagic et le kit CMG-1091. Le volume d’élution final est de 200 µl, avec une concentration moyenne d’ADN de 43,5 ng/µl et une quantité moyenne de 8200 ng. Les extraits d’ADN seront fournis aux chercheurs en fonction des besoins et des quantités disponibles.
Des analyses génomiques ont été faites par la BQC19. Les résultats de séquençage complet du génome (WGS) et ceux de génotypage (GWAS) sont disponibles via une demande d’accès aux données.
Plasma
Le plasma dans la BQC19 est principalement recueilli sur tube ACD, en privilégiant cette méthode pour faciliter la récupération des cellules mononucléées du sang périphérique (PBMCs). Des échantillons ponctuels de plasma sur héparine et sur EDTA sont également collectés, mais en quantités limitées, provenant de prélèvements cliniques restants.
Le plasma est séparé par centrifugation à 850 g pendant 10 minutes à température ambiante sans frein, puis aspiré soigneusement pour éviter l’aspiration des globules blancs.
Il est ensuite transféré en aliquotes de 0,25 ou 0,5 ml dans des tubes de cryoconservation, et conservé à -80 ºC pour un stockage à long terme. Le volume total recueilli varie de 4,5 ml à 15 ml.
Les échantillons de plasma sont accessibles à la communauté scientifique via une demande d’accès, et les aliquotes sont fournies selon les besoins du chercheur et les quantités disponibles.
Des analyses protéomiques, métabolomiques, immuno-sérologiques et de laboratoire ont été réalisées par la BQC19. Tous les résultats sont disponibles via une demande d’accès aux données.
Cellules mononuclées de sang périphérique (PBMCs)
Les cellules mononucléées du sang périphérique (PBMCs) sont isolées après centrifugation lors de la collecte du plasma, en utilisant soit la méthode de Ficoll-Hypaque, soit la méthode alternative SepMate.
Une fois isolées, les PBMCs sont congelées dans une solution de FBS DMSO, puis stockées dans des tubes de cryoconservation à une concentration finale de 10 millions de cellules par ml. Les tubes sont d’abord transférés à -80 ºC pendant 24 heures puis stockés à long terme dans l’azote liquide.
La possibilité de recueil des PBMCs est variable, mais le nombre médian d’aliquotes est de deux, dont une est dédiée à la collection provinciale.
L’accès aux échantillons de PBMCs se fait via une demande d’accès, selon les besoins des chercheurs et les quantités disponibles.
Sérum
Les échantillons de sérum pour la BQC19 sont collectés à partir de tubes SST ou de tubes à bouchon rouge, avec un volume de prélèvement variant entre 4 et 10 ml, selon le type de tube. La BQC19 n’a aucun échantillon de sérum pour les participants avec maladie sévère de la première vague de la pandémie de COVID-19.
Après centrifugation à 2000 g pendant 10 minutes à température ambiante, le sérum est séparé et transféré en aliquotes de 0,25 ml ou 0,5 ml dans des tubes de cryoconservation. Les échantillons sont ensuite conservés à -80 ºC pour un stockage à long terme. Le nombre d’aliquotes et le volume peuvent varier en fonction de la situation clinique des participants, particulièrement pour ceux ayant développé une maladie sévère.
L’accès à ces échantillons se fait par demande, et les aliquotes sont fournies selon les besoins du chercheur et la disponibilité des quantités.
