Partage
de données
Le savoir,
ça se partage!
Les données et les connaissances scientifiques sont des biens communs et doivent être partagées dans un cadre approprié. La BQC19 adhère pleinement à la déclaration de la Fondation Wellcome Trust sur le partage des données et des résultats de recherche relatifs à l’épidémie de COVID-19.
Une fois les demandes approuvées par le comité d’accès de la BQC19, les chercheurs peuvent accéder aux données, qui incluent les données cliniques/phénotypiques des participants ainsi que les résultats des analyses de base réalisées. Les futures données enrichissantes issues de la recherche seront également ajoutées à la base de données de la BQC19.
ARN
La BQC19 utilise Globus pour le transfert des données. En raison du grand volume de données, l’infrastructure de Compute Canada, accessible via son interface Globus, est utilisée comme mécanisme de transfert.
Après la signature de l’accord de transfert de données et/ou de matériel (D/MTA), l’accès aux données approuvées sera fourni par l’équipe de gestion des données via la plateforme Globus. Les utilisateurs pourront télécharger les données de la BQC19, mais il est important de noter que certains fichiers sont volumineux et ne peuvent être téléchargés sur des ordinateurs de bureau ou portables. De plus, certains fichiers ne peuvent être analysés avec des tableurs classiques comme Excel.
À noter qu’au moment de rédiger ces lignes (Mai 2025), certains résultats de métabolomique et de protéomique (Somalogic) sont manquants. Ces deux collections seront donc enrichies au cours de l’année 2025.
Nombre d’ensemble de données disponibles
Mise à jour #13
| Cliniques / Phénotypiques | 6266 |
| RNA-seq | 3 533 |
| WGS | 4 093 |
| GWAS | 4 286 |
| Immuno-sérologie # 1 | 3 534 |
| Immuno-sérologie # 2 | 1 911 |
| Métabolomique | 1 966 |
| Protéomique # 1 - Somalogic | 1 957 |
| Protéomique #2 - Olink | 3 577 |
| ROCHE | 4 796 |
| Séquences virales | 1 589 |
Comment fonctionne Globus?
Globus est un service de transfert de fichiers rapide, fiable et sécurisé, conçu spécifiquement pour répondre aux besoins de la recherche. L’interface utilisateur de Globus inclut des fonctions de suivi en arrière-plan qui automatisent la gestion des transferts de fichiers entre deux supports, qu’il s’agisse des équipements de SD4Health, d’autres sites, de grappes sur campus, de serveurs de laboratoire, de micro-ordinateurs ou d’ordinateurs portables.
Pour accéder aux fichiers partagés par la BQC19, un identifiant compatible avec la plateforme Globus (Globus ID) est requis. Si vous ne possédez pas de compte compatible, la création d’un compte Globus est rapide et simple en visitant le site suivant :
Une fois l’accès approuvé par l’équipe de gestion des données, vous pourrez transférer les données entre la collection BQC19 et votre propre collection. Il est essentiel de créer une collection sur votre ordinateur personnel pour pouvoir effectuer le téléchargement. Pour ce faire, téléchargez “Globus Connect Personal” soit en suivant les instructions dans “File Manager” du portail Globus, soit en suivant ce lien :
https://www.globus.org/globus-connect-personal
Une fois la collection créée sur votre ordinateur, vous pourrez débuter les transferts de fichiers entre l’EndPoint de la BQC19 et votre ordinateur.
Notez que certains des fichiers de données partagés par la BQC19 sont volumineux et ne peuvent être transférés sur un ordinateur personnel. Dans ce cas, il est recommandé de les télécharger sur une plateforme de calcul intensif. Ces fichiers résident actuellement dans l’infrastructure de SD4Health et il est recommandé d’utiliser cette plateforme si vous devez effectuer des analyses.
Pour plus d’informations sur le fonctionnement de Globus, consultez le guide étape par étape ici :
https://docs.computecanada.ca/wiki/Globus/fr
(en anglais seulement)
Vous pouvez vous familiariser avec les concepts et les interfaces de base de Globus en lisant :
https://docs.globus.org/how-to/get-started/
Pour toutes autre information, visitez le site :
https://docs.globus.org/
