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L’infection sévère par le virus SARS-CoV-2 entraîne des modifications importantes des protéines immunitaires circulantes, mais leur dynamique temporelle et leur rôle causal restent mal compris. Dans cette étude, l’abondance de 147 protéines immunitaires a été mesurée dans deux grandes cohortes hospitalières au Canada et aux États-Unis. Parmi elles, 69 présentaient des différences significatives entre les cas sévères nécessitant une assistance respiratoire et les contrôles. L’analyse a révélé trois grands groupes de protéines fortement corrélées, rendant difficile l’identification des acteurs causaux directs de la sévérité de la maladie. Par ailleurs, cinq protéines ont montré des différences selon le sexe, dont trois (CCL26, IL1RL2 et IL3RA) étaient également associées à des formes sévères de COVID-19, offrant un éclairage sur les disparités de pronostic entre hommes et femmes. Ces résultats mettent en évidence des protéines immunitaires étroitement liées à la sévérité de la COVID-19 et ouvrent la voie à une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents à l’évolution de la maladie

Cette étude explore les mécanismes pathophysiologiques sous-jacents à l’insuffisance rénale aiguë (AKI) associée à la COVID-19, en utilisant la protéomique pour identifier des marqueurs de la fonction rénale à court et long terme. Dans une cohorte de découverte (n = 437), environ 4000 protéines plasmatiques ont été mesurées, révélant 413 protéines avec des niveaux plasmatiques élevés et 40 avec des niveaux faibles associés à l’AKI liée à la COVID (p ajusté < 0,05). Parmi celles-ci, 62 protéines ont été validées dans une cohorte externe (n = 261). L’étude montre que l'AKI est liée à des marqueurs de lésion tubulaire (NGAL) et lésion du myocarde. De plus, 25 de ces protéines sont significativement associées à une diminution de la filtration glomérulaire, notamment des protéines comme la desmocolline-2 et la cystatine-C, indiquant une dysfonction tubulaire. Les résultats suggèrent que l’insuffisance rénale aiguë et à long terme dans la COVID-19 est liée à des processus multifactoriels, notamment l'instabilité hémodynamique et les lésions myocardiques.

Cette étude présente une méta-analyse d’études de GWAS réunissant 125 584 cas de COVID-19 et plus de 2,5 millions de témoins provenant de 60 études réparties sur 25 pays. Onze nouveaux loci génomiques significatifs ont été identifiés par rapport aux précédents, notamment des gènes liés à la susceptibilité et à la sévérité de la maladie, tels que SFTPD, MUC5B et ACE2. Les analyses ont examiné trois phénotypes : les individus gravement malades nécessitant un soutien respiratoire, les cas modérés ou graves hospitalisés et l’ensemble des cas rapportés d’infection par le SARS-CoV-2, quel que soit le symptôme. Un total de 23 loci ont montré une association significative avec le COVID-19 (P < 5 × 10−8), dont 20 ont conservé leur signification après correction pour les tests multiples (P < 1,67 × 10−8). Comparativement à l'analyse précédente, un seul locus (rs72711165) n’a pas été répliqué, tandis que tous les autres ont montré une augmentation significative de la validité statistique. Ces découvertes apportent des éclairages essentiels sur les mécanismes biologiques de la susceptibilité et de la sévérité du COVID-19.

Cette étude analyse les variations génétiques liées à la COVID-19 grave en utilisant le séquençage génomique de 7 491 individus gravement malades et de 48 400 témoins. L’étude identifie 23 variantes indépendantes prédisposant à une forme sévère de la maladie, dont 16 nouvelles, impliquant des gènes associés à la signalisation de l’interféron, la différenciation des leucocytes et le statut de sécréteur des antigènes du groupe sanguin. Des analyses d’expression génique et de randomisation mendélienne mettent en évidence des cibles thérapeutiques potentielles, notamment des molécules d’adhésion des cellules myéloïdes et le facteur de coagulation F8. Ces résultats suggèrent un modèle multifactoriel dans la pathophysiologie de la COVID-19 grave, avec des mécanismes liés à la réplication virale et à l’inflammation pulmonaire.

Le groupe OAS1/2/3 a été identifié comme un locus de risque pour la forme grave de la COVID-19 chez les individus d’ascendance européenne, avec un haplotype protecteur d’environ 75 kilobases (kb) dérivé des Néandertaliens dans la région chromosomique 12q24.13. Cet haplotype contient une variante d’épissage du gène OAS1, présente chez les personnes d’ascendance africaine indépendamment de l’hérédité néandertalienne. À l’aide d’approches de cartographie fine trans-ancestrales dans un échantillon de 20 779 cas hospitalisés, l’étude montre que cette variante d’épissage est probablement le SNP responsable de l’association à ce locus, ce qui implique fortement le gène OAS1 comme un gène effecteur influençant la gravité de la COVID-19.

Cette étude explore l’impact combiné des variants exoniques communs et rares sur la sévérité du COVID-19 en utilisant un modèle d’apprentissage automatique basé sur des données de séquençage d’exome de 4000 patients. Un ensemble de modèles de régression LASSO a permis d’identifier des marqueurs génétiques clés, intégrés dans un score polygénique interprétable. Les variants sélectionnés incluent des mutations ultra-rares à communes, avec environ 25 % spécifiques au sexe. L’analyse des voies biologiques impliquées confirme la nature multi-organes de la maladie. Ce modèle pourrait améliorer le diagnostic, les traitements et la prise en charge clinique de la COVID-19.

L’objectif de cette étude était d’évaluer l’impact d’un facteur génétique majeur de susceptibilité pour la COVID-19 sur la gravité de la maladie, en tenant compte de l’âge des patients. En combinant les données individuelles de 13 424 patients COVID-19 (dont 6 689 hospitalisés) provenant de 17 cohortes internationales, les chercheurs ont examiné l’association du marqueur génétique rs10490770, situé sur le chromosome 3, avec la mortalité et les complications liées au COVID-19. Les résultats montrent que les porteurs de l’allèle à risque avaient un risque accru de mortalité générale (HR = 1,4) et de complications graves comme l’insuffisance respiratoire sévère (OR = 2,0). Chez les individus de moins de 60 ans, l’effet du marqueur était particulièrement prononcé, avec un risque significativement plus élevé de décès ou d’insuffisance respiratoire sévère (OR = 2,6). L’inclusion du gène à risque a amélioré la prédiction des issues graves, suggérant son utilité dans la gestion clinique des risques.

Cette étude examine l’impact de la génétique humaine sur l’infection par le SARS-CoV-2 et la gravité du COVID-19, en s’appuyant sur une collaboration mondiale de chercheurs. À travers trois méta-analyses d’association du génome entier, impliquant jusqu’à 49 562 patients provenant de 46 études internationales, 13 loci génétiques significatifs ont été identifiés, associés à l’infection par le SARS-CoV-2 ou à des manifestations graves du COVID-19. Plusieurs de ces loci sont liés à des maladies pulmonaires, auto-immunes ou inflammatoires. Des analyses de randomisation mendélienne ont mis en évidence un rôle causal du tabagisme et de l’indice de masse corporelle dans la gravité du COVID-19, mais pas pour le diabète de type II. Cette étude souligne l’importance de la collaboration internationale dans la découverte de facteurs génétiques associés aux maladies émergentes, ouvrant la voie à de futures avancées pour la gestion de pandémies ou d’autres maladies complexes.

Cette étude a examiné l’association entre des variantes rares prédites de perte de fonction (pLOF) dans 13 gènes candidats, impliqués dans les voies TLR3 et IRF7 dépendantes de l’IFN de type I, et les cas graves de COVID-19. Après avoir effectué un séquençage exomique ou génomique sur 1 864 cas de COVID-19 (713 cas graves et 1 151 cas légers) et 15 033 témoins appariés en fonction de l’ascendance, les chercheurs ont constaté qu’une seule mutation rare pLOF était présente parmi les 713 cas graves. Aucun enrichissement de variantes pLOF n’a été observé dans les cas graves par rapport aux témoins ou aux cas légers. En conclusion, aucune preuve d’association n’a été trouvée entre ces variantes rares et la sévérité du COVID-19, contredisant une hypothèse précédente qui suggérait que de telles variantes pourraient expliquer jusqu’à 3,5 % des cas graves.

Cette étude explore les associations entre des variants génétiques rares et sept issues cliniques de la COVID-19 en utilisant des données de séquençage exomique de 586 157 individus, dont 20 952 atteints de COVID-19. Malgré l’analyse de gènes impliqués dans la voie de l’interféron, des loci de susceptibilité et des gènes immunologiques pertinents, aucune association significative n’a été identifiée avec des variants rares, suggérant qu’aucun effet détectable n’est associé à ces variants dans cette étude. Les analyses seront mises à jour avec des données supplémentaires disponibles