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Les formes sévères de COVID-19 partagent de nombreuses caractéristiques avec la septicémie, notamment le syndrome de détresse respiratoire aiguë et la défaillance multiviscérale. En analysant l’expression génique sanguine de 124 patients hospitalisés au Québec, des signatures transcriptomiques associées à la reprogrammation cellulaire, la dysfonction organique et la mortalité ont été identifiées, permettant de prédire la gravité et l’évolution de la maladie. Ces marqueurs, utilisés dans le diagnostic de la septicémie, pourraient ainsi guider la prise en charge des patients COVID-19 sévères et faciliter l’identification de traitements utilisant des médicaments repositionnés.

Cette étude explore le rôle de l’ACBP (Acyl-CoA binding protein), un régulateur de l’autophagie, comme biomarqueur de la sévérité de la COVID-19. En analysant les profils protéomiques plasmatiques de 903 patients hospitalisés au Québec, les résultats montrent que des niveaux élevés d’ACBP sont associés à une inflammation accrue et à une réponse immunitaire altérée, indépendamment des comorbidités. Les niveaux d’ACBP étaient plus élevés lors de la deuxième vague que lors de la première. Ces résultats suggèrent que l’ACBP pourrait jouer un rôle clé dans les réponses immunométaboliques et mérite des investigations supplémentaires.

L’étude des effets à long terme de la COVID-19, également appelé COVID longue ou condition post-COVID-19 (PCC), est un domaine de recherche actif. Des études récentes ont suggéré que l’angiopoiétine-1 (ANG-1) et la p-sélectine (P-SEL) pourraient être des marqueurs diagnostiques potentiels, bien que leur validation soit nécessaire en raison de l’inconstance des résultats dans les études sur les biomarqueurs du COVID-19. En utilisant les données de la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), nous avons observé que les niveaux d’ANG-1 et de P-SEL étaient significativement plus élevés chez les participants atteints de PCC par rapport aux témoins après trois mois. Ces résultats ont été reproduits et validés, soulignant l’importance des efforts de biobanque collaboratifs pour améliorer la reproductibilité et la crédibilité des recherches sur la COVID longue.

L’étude explore l’association entre la sévérité des symptômes de la COVID-19 et les concentrations d’acides aminés circulants, ainsi que leur capacité à prédire des issues cliniques graves telles que l’admission en soins intensifs ou le décès à l’hôpital. Sur un échantillon de 736 participants, 16 des 20 acides aminés testés ont montré une association significative avec la sévérité de la maladie, avec la phénylalanine (positivement) et la cystéine (inversément) présentant les associations les plus fortes. Ces résultats sont restés significatifs après ajustement pour l’âge, le sexe et l’indice de masse corporelle. La phénylalanine a démontré une capacité modérée à prédire les issues graves, et un modèle multivarié incluant à la fois les acides aminés circulants et des variables cliniques a atteint une précision de 90 % pour prédire les issues adverses. Ces résultats suggèrent que les profils d’acides aminés altérés chez les patients atteints de symptômes sévères de COVID-19 pourraient être utilisés pour améliorer les prédictions cliniques.

Cette étude a utilisé le séquençage ARN à cellule unique pour explorer les facteurs génétiques de régulation cis impliqués dans la réponse à l’infection par le SARS-CoV-2. En analysant 361 119 échantillons de cellules mononucléaires sanguines périphériques (PBMC) provenant de 63 patients COVID-19 en phase aiguë, 39 en phase de convalescence, et 106 témoins sains, les chercheurs ont identifié des milliers de variants cis associés, dont plusieurs étaient spécifiques aux cellules immunitaires des patients en phase aiguë. Les effets génétiques spécifiques aux patients se sont dissipés à mesure que l’infection se résolvait, suggérant l’implication de réseaux de régulation génique distincts pendant l’infection active. Environ 17,2 % des loci testés ont montré des interactions génétiques dépendantes de l’état cellulaire, notamment dans les voies des réponses aux interférons et la phosphorylation oxydative, principalement dans les monocytes CD14+. Les résultats montrent l’importance des interactions gène-environnement, avec 25,6 % des gènes testés montrant des effets d’interaction, soulignant le rôle des facteurs environnementaux dans la régulation transcriptionnelle de la réponse immunitaire au SARS-CoV-2

Identifier les gènes causaux dans les loci associés à la maladie (GWAS) peut aider à cibler des interventions thérapeutiques. Cependant, les signaux des loci quantitatifs d’expression (eQTL) ne co-localisent souvent pas avec les loci influençant les résultats cliniques de COVID-19, suggérant que l’expression génique mesurée ne partage pas le même contrôle génétique que le risque de maladie. Cette étude utilise la randomisation mendélienne (MR) pour tester si les gènes aux loci influençant les résultats de COVID-19 montrent une colocalisation avec des loci eQTL dans des cellules spécifiques, des organes et sous différentes conditions de stimulation. Bien que certains gènes aient montré une colocalisation, ces résultats étaient souvent affectés par des signaux de déséquilibre de liaison et des variations dans les conditions expérimentales, suggérant que la colocalisation de l’expression avec les résultats COVID-19 reste un défi. Ces résultats soulignent la difficulté d’associer directement l’expression génique aux résultats de la maladie et appellent à la prudence dans l’interprétation des résultats de MR sur les eQTL.

La génétique de l’hôte joue un rôle clé dans l’évolution de la COVID-19. Alors que les études précédentes se sont concentrées sur les variants communs, cette analyse a exploré l’impact des variants rares sur la sévérité de la maladie en combinant des données de séquençage d’exome et de génome entier provenant de 21 cohortes internationales. L’analyse de 5 085 cas de maladie sévère et 571 737 témoins a révélé qu’un variant délétère rare du récepteur TLR7, impliqué dans la détection du SARS-CoV-2, était associé à une augmentation de 5,3 fois du risque de forme sévère. Cette association, cohérente entre les sexes, confirme le rôle de TLR7 comme facteur génétique de susceptibilité et suggère que l’étude des variants rares pourrait apporter de nouvelles pistes pour le développement de thérapies ciblées

Cette étude présente les résultats du séquençage du génome entier de 1 220 individus, principalement non vaccinés, infectés par le SARS-CoV-2, dont 827 cas hospitalisés. Nous avons identifié des troubles monogéniques autosomiques récessifs ou des hétérozygoties composées chez six individus, tous hospitalisés et significativement plus jeunes que le reste de la cohorte. Aucun variant causal n’a été trouvé près du gène TLR7. Les tests de charge ont montré des enrichissements de variants rares dans les gènes de la réponse immunitaire aux interférons, particulièrement chez les hommes européens. Des analyses cas-témoins ont confirmé des associations avec des loci de risque déjà identifiés, notamment sur le locus 3p21. Les scores polygéniques ont permis de capturer le risque de manière dépendante de l’âge. Ces résultats contribuent à éclaircir l’étiologie de la COVID-19 en intégrant diverses variations génétiques.

Cette étude évalue les réponses des cellules T et B après vaccination contre le SARS-CoV-2 chez des patients atteints de polyarthrite rhumatoïde (PR) immunodéprimés. Après trois doses de vaccin à ARN messager, six des 22 patients ont montré des anticorps anti-spike, bien que les titres soient demeurés inférieurs à ceux des témoins sains. Les patients ayant répondu à la première dose avaient des anticorps anti-RA et un pourcentage plus élevé de cellules B folliculaires circulantes. Une forte réponse des cellules T CD4+ a été observée après les premières doses, tandis que la réponse des cellules B spécifiques au domaine de liaison au récepteur (RBD) a été plus modeste, avec une augmentation marquée après la deuxième dose chez certains patients. Ces résultats soulignent l’importance de la vaccination multidose pour induire une réponse humorale protectrice, malgré une réponse retardée des cellules B.

L’objectif de cette étude était de valider en externe deux scores de risque simples pour prédire la mortalité chez une population majoritairement hospitalisée atteinte de COVID-19 au Canada (588 patients pour COVID-NoLab et 479 patients pour COVID-SimpleLab). Les taux de mortalité dans les groupes à faible, modéré et haut risque étaient respectivement de 1.1 %, 9.6 % et 21.2 % pour COVID-NoLab, et de 0.0 %, 9.8 % et 20.0 % pour COVID-SimpleLab, des valeurs cohérentes avec celles de la cohorte d’origine. Ces deux scores, désormais validés en externe, permettent aux cliniciens d’identifier rapidement les patients hospitalisés à faible risque qui pourraient être pris en charge en ambulatoire en cas de saturation des lits hospitaliers.