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La Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19) a rencontré un taux élevé de perte au suivi, ce qui a motivé une analyse des facteurs influençant la participation. À travers des entretiens avec 23 participants et 17 professionnels, les motivations relevées incluaient la contribution à la recherche et les interactions médicales, tandis que l’attrition était liée à des obstacles logistiques, à la méfiance envers les mesures sanitaires et à la peur des milieux cliniques. L’évolution de la pandémie a modifié ces dynamiques, soulignant la nécessité d’adapter les stratégies de recrutement en contexte de crise.

L’étude prospective menée au Québec entre août et novembre 2021 a examiné les infections au variant Delta de la COVID-19 chez des adultes, en se concentrant sur la prévalence des symptômes post-COVID-19 et l’impact de la vaccination. Parmi les 138 participants, 62,8% étaient des infections chez des personnes vaccinées et 37,1% chez des non-vaccinés. La majorité des participants avaient présenté une forme légère de la maladie. La prévalence des symptômes post-COVID-19 était similaire entre les groupes vaccinés (61,4%) et non vaccinés (51,4%). Le nombre de symptômes durant l’infection aiguë était identifié comme facteur de risque indépendant pour le développement de symptômes post-COVID-19. Cette étude souligne qu’une vaccination complète ne semble pas réduire l’apparition de symptômes post-COVID-19 dans le cas des infections par le variant Delta. Les résultats ont des implications importantes pour la planification des services de santé provinciaux.

Cette étude longitudinale prospective évalue l’impact à long terme de la COVID-19 sur la qualité de vie liée à la santé (HRQoL) chez des adultes ambulatoires souffrant de COVID longue (PCC) sur une période de 2 ans. Parmi les 933 participants, 413 (42,3 %) ont développé un PCC, et 520 (55,7 %) ont récupéré sans séquelles à long terme. Les résultats montrent une différence significative dans l’indice EQ-5D-5L entre les groupes à partir de 3 mois après l’infection, la qualité de vie du groupe PCC continuant de se dégrader jusqu’à 18 mois. Les dimensions les plus altérées incluaient la douleur, l’anxiété/dépression et les activités quotidiennes. Cette étude souligne la nécessité d’un suivi continu des conséquences à long terme du PCC, en particulier concernant les troubles de la santé mentale qui affectent une proportion importante des patients.

Cette étude prospective menée au Québec a examiné la prévalence et les facteurs de risque des symptômes post-COVID-19 associés au variant Omicron. Parmi 1 338 personnes contactées, 290 ont été recrutées, et 47,2 % ont rapporté des symptômes persistants au moins un mois après l’infection. Les symptômes les plus courants étaient la fatigue (48,2 %), l’essoufflement (32,6 %) et la toux (24,1 %). Le nombre de symptômes ressentis lors de la phase aiguë de la COVID-19 a été identifié comme un facteur de risque pour le développement de symptômes persistants. Cette étude fournit des données importantes pour la planification des services de santé provinciaux.

RF-PHATE est une méthode de visualisation supervisée qui intègre les connaissances d’experts pour explorer les données complexes. Contrairement aux méthodes non supervisées, RF-PHATE utilise des forêts aléatoires pour créer des visualisations à faible dimension en mettant en évidence les relations pertinentes et en éliminant les caractéristiques non essentielles. Adaptée aux grands ensembles de données, elle est efficace pour la classification et la régression. Trois études de cas montrent son utilité : dans la sclérose en plaques, l’exposition aux gaz d’échappement et les résultats des patients COVID-19, soulignant sa capacité à traiter des données temporelles, bruyantes et complexes, avec une grande tolérance au bruit.

L’obésité est un facteur de risque majeur pour la gravité de la COVID-19, mais les mécanismes sous-jacents restent partiellement compris. En influençant le protéome plasmatique, l’obésité pourrait moduler la sévérité de la COVID-19 par des protéines circulantes. Dans cette étude, nous avons exploré 4 907 protéines plasmatiques pour identifier celles qui sont influencées par l’indice de masse corporelle (IMC) en utilisant la randomisation mendélienne, ce qui a permis de découvrir 1 216 protéines. Parmi elles, l’augmentation d’une unité d’écart-type de la néphronectine (NPNT) était associée à une probabilité accrue de forme grave de COVID-19 (OR = 1,71, P = 1,63 × 10^-10). L’isoforme épissée de NPNT était responsable de cet effet, et des analyses de médiation ont confirmé NPNT comme médiateur. L’expression de NPNT dans les cellules alvéolaires et les fibroblastes pulmonaires a été observée chez les individus décédés de la COVID-19. Enfin, la réduction de la masse grasse et l’augmentation de la masse maigre réduisaient les niveaux de NPNT. Ces résultats fournissent des pistes pour comprendre comment l’obésité influence la gravité de la COVID-19.

Cette étude analyse les changements dynamiques de l’expression génétique chez les patients atteints de COVID-19 tout au long de leur hospitalisation. En séquençant l’ARN de 300 échantillons sanguins provenant de 128 patients, les chercheurs ont identifié six phases de la maladie (léger, modéré, sévère, critique, rétablissement et sortie de l’hôpital) et mis en évidence des mécanismes distincts, notamment une réponse antivirale précoce, des dysfonctions immunitaires adaptatives aux stades sévères et des anomalies hémostatiques persistantes. L’analyse des interactions gène-médicament a révélé des traitements potentiels, comme des inhibiteurs plaquettaires en phase précoce et le dasatinib tout au long de l’évolution de la maladie. Ces résultats soulignent l’importance de la stratification temporelle des patients pour une prise en charge personnalisée et ciblée.

La pandémie de COVID-19 a eu des conséquences socioéconomiques dramatiques et a modifié la vie de milliards de personnes. Cependant, la compréhension des relations entre les variables cliniques et les résultats de la maladie reste floue. Les méthodes classiques, comme les corrélations par paires, ne captent pas toujours les relations indirectes et leur direction. Cette étude présente RAMEN, une méthode combinant l’algorithme génétique et les marches aléatoires pour inférer un réseau relationnel bayésien entre les variables cliniques. Appliquée à la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), RAMEN a révélé des relations supportées par la littérature existante concernant la gravité de la maladie et la COVID longue. La méthode a été validée par des simulations et des analyses multi-omiques, et pourrait améliorer la détection précoce des formes graves de COVID-19 et de COVID longue, contribuant ainsi à sauver des vies.

Les infections peuvent entraîner des symptômes persistants et des maladies telles que le zona après une infection par le virus varicelle-zona ou le rhumatisme articulaire aigu après des infections streptococciques. De même, l’infection par le coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-2) peut provoquer un COVID long, se manifestant typiquement par une fatigue, des symptômes pulmonaires et des troubles cognitifs. Les mécanismes biologiques à l’origine du COVID long restent mal compris. Nous avons réalisé une étude d’association pangénomique (GWAS) sur le COVID long incluant jusqu’à 6 450 cas et 1 093 995 témoins issus de 24 études menées dans 16 pays. Nous avons identifié une association entre le gène FOXP4 et le COVID long, indépendante de son lien déjà établi avec les formes sévères de COVID-19. Ce signal a été répliqué dans une cohorte indépendante de 9 500 cas de COVID long et 798 835 témoins. Étant donné le rôle du facteur de transcription FOXP4 dans la physiologie et la pathologie pulmonaires, nos résultats soulignent l’importance de la fonction pulmonaire dans la physiopathologie du COVID long.

La sévérité de la COVID-19 pourrait être influencée par le microbiome des voies respiratoires supérieures. En analysant les profils microbiens de 182 patients COVID-19 et 75 individus non infectés à partir d’échantillons de gargarisme, une altération significative de la composition bactérienne a été observée. Prevotella et Veillonella étaient plus abondants chez les patients positifs, tandis que Streptococcus et Actinomyces prédominaient chez les négatifs, suggérant un état de dysbiose favorisant les pathogènes opportunistes. Ces marqueurs bactériens pourraient servir d’outils potentiels pour le dépistage et la prévention de la COVID-19 chez les personnes présentant un microbiome déséquilibré.