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Cette étude explore les associations entre des variants génétiques rares et sept issues cliniques de la COVID-19 en utilisant des données de séquençage exomique de 586 157 individus, dont 20 952 atteints de COVID-19. Malgré l’analyse de gènes impliqués dans la voie de l’interféron, des loci de susceptibilité et des gènes immunologiques pertinents, aucune association significative n’a été identifiée avec des variants rares, suggérant qu’aucun effet détectable n’est associé à ces variants dans cette étude. Les analyses seront mises à jour avec des données supplémentaires disponibles

This Mendelian randomization study investigated whether genetically decreased serum ACE levels influence susceptibility to or severity of COVID-19, aiming to clarify the safety of ACE inhibitors during the pandemic. Genetic variants near the ACE gene, explaining 18–37% of ACE level variance, were identified from the ORIGIN trial and the AGES cohort. These variants were tested against COVID-19 outcomes using large GWAS datasets (up to 960,186 individuals). No significant associations were found between lower ACE levels and COVID-19 susceptibility, hospitalization, or severity. Results were consistent across multiple sensitivity analyses. These findings suggest that ACE inhibitors do not increase COVID-19 risk and support their continued use during the pandemic.

Cette étude a comparé les profils immunitaires des patients hospitalisés pour une infection aiguë par le SARS-CoV-2 avec ceux de patients atteints d’autres maladies aiguës et de témoins sains. À l’aide de la cytométrie en flux, plusieurs dysrégulations des sous-ensembles de cellules immunitaires ont été observées, notamment une diminution des proportions de cellules T, qui étaient similaires entre l’infection par le SARS-CoV-2 et d’autres maladies aiguës. Cependant, des différences spécifiques ont été identifiées dans les sous-ensembles myéloïdes et lymphocytaires, associées au statut SARS-CoV-2, telles qu’une proportion élevée de neutrophiles matures/activés ICAM-1+, de monocytes ALCAM+ et de cellules T CD8+CD38+. Certaines altérations immunitaires spécifiques au SARS-CoV-2 ont montré des corrélations avec la sévérité de la maladie, l’issue clinique à 30 jours et la mortalité. Ces résultats fournissent une compréhension des dysrégulations immunitaires spécifiquement liées à l’infection par le SARS-CoV-2 et ouvrent la voie au développement de biomarqueurs pour stratifier les patients COVID-19 à risque de mauvais pronostic, tout en mettant en lumière des cibles thérapeutiques potentielles.

Pour identifier les protéines circulantes influençant la susceptibilité et la gravité du COVID-19, nous avons mené une étude de randomisation mendélienne (RM) à deux échantillons, analysant rapidement des centaines de protéines circulantes tout en réduisant les biais dus à la causalité inversée et aux confusions. Dans un échantillon de 14 134 cas et 1,2 million de témoins, nous avons observé qu’une augmentation d’une unité d’écart-type des niveaux de OAS1 était associée à une réduction de la mortalité ou de la ventilation en raison de la COVID-19 (odds ratio (OR) = 0,54, P = 7 × 10^-8), des hospitalisations (OR = 0,61, P = 8 × 10^-8) et de la susceptibilité (OR = 0,78, P = 8 × 10^-6). Une étude de cas-témoins réalisée auprès de 504 individus a confirmé que des niveaux plus élevés de OAS1 plasmatiques en état non infectieux étaient associés à une réduction de la susceptibilité et de la gravité de la COVID-19. Des analyses supplémentaires ont suggéré qu’un isoforme néandertalien de OAS1 dans les individus d’ascendance européenne conférait cette protection. Ainsi, les données issues de la RM et de l’étude cas-témoins soutiennent un rôle protecteur de OAS1 contre les issues graves de la COVID-19, et des agents pharmacologiques augmentant les niveaux de OAS1 pourraient être priorisés pour le développement de médicaments.

Les niveaux accrus de vitamine D, mesurés par le 25-hydroxyvitamine D (25OHD), ont été suggérés comme un facteur protecteur contre la COVID-19, mais les études observationnelles sont sujettes à des biais de confusion. Cette étude a utilisé la randomisation mendélienne (MR) pour évaluer l’effet causal des niveaux circulants de 25OHD sur la susceptibilité et la sévérité du COVID-19. À partir des données génétiques de 443 734 individus, aucun lien significatif n’a été observé entre une augmentation génétiquement déterminée des niveaux de 25OHD et le risque d’infection, d’hospitalisation ou de forme sévère de COVID-19. Ces résultats, confirmés par plusieurs analyses de sensibilité, suggèrent que la supplémentation en vitamine D ne constitue pas une stratégie efficace de prévention ou de traitement de la COVID-19, et que d’autres approches thérapeutiques devraient être priorisées dans les essais cliniques.

Cet article propose une approche en trois volets pour le consentement à la biobanque dans la recherche sur la COVID-19, reliant les patients COVID-19, les patients atteints de maladies respiratoires/infectieuses et les participants à des études longitudinales. Il explore différentes stratégies de consentement et décrit un modèle d’accès aux échantillons et données, adaptable aux cadres juridiques locaux. L’objectif est de créer une infrastructure de recherche favorisant une science ouverte, transparente et robuste pour mieux comprendre et répondre à la pandémie.

L’inflammation neutrophilique et l’immunothrombose jouent un rôle clé dans les formes sévères de COVID-19. En analysant des échantillons de la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19) et d’une cohorte indépendante, une élévation des cytokines IL-17D et IL-17F a été observée chez les patients COVID-19, avec des niveaux plus élevés chez ceux atteints de formes sévères. Des expériences in vitro ont montré que l’IL-17F favorise l’adhésion des neutrophiles aux cellules endothéliales via l’augmentation de l’ICAM-1 à leur surface, un processus atténué par des inhibiteurs de la voie MAPK. Ces résultats suggèrent que l’IL-17F pourrait contribuer à l’immunothrombose dans le COVID-19 sévère en facilitant l’activation endothéliale et l’adhésion neutrophilique.

Après une infection par le SARS-CoV-2, une proportion importante de personnes convalescentes développe la condition post-COVID (PCC), caractérisée par des symptômes affectant divers organes. Cette étude a exploré les réponses des cellules B et des anticorps spécifiques aux antigènes du SARS-CoV-2 chez des patients atteints de PCC après une forme légère de COVID-19. Les résultats montrent que, bien que les réponses des cellules B spécifiques au D614G RBD soient comparables entre les groupes convalescents avec et sans PCC, des différences notables ont été observées en fonction du sexe. Chez les femmes atteintes de PCC, la réponse des cellules B et des anticorps anti-spike était plus élevée que chez les hommes, suggérant que des facteurs liés au sexe peuvent influencer le développement de la PCC en modulant les réponses anticorps aux antigènes du SARS-CoV-2.

Le développement d’outils prédictifs pour les issues de la COVID-19 permet une prise en charge personnalisée et pourrait alléger le fardeau de la maladie. Cette étude collaborative menée par 15 institutions européennes a développé un modèle d’apprentissage automatique pour prédire le risque de mortalité hospitalière post-infection au SARS-CoV-2. En analysant des échantillons sanguins et des données cliniques de 1286 patients issus de cohortes en Europe et au Canada (2020-2023), 2906 longs ARN non codants ont été profilés par séquençage ciblé. Dans une cohorte de découverte de 804 patients européens, l’âge et l’ARN LEF1-AS1 ont été identifiés comme variables prédictives, avec une AUC de 0.83 (IC 95% 0.82–0.84) et une précision équilibrée de 0.78 (IC 95% 0.77–0.79) via un classificateur par réseau neuronal. Une validation dans une cohorte canadienne indépendante de 482 patients a confirmé ces performances. Une analyse de régression de Cox a montré qu’une expression élevée de LEF1-AS1 était associée à une réduction du risque de mortalité (HR ajusté sur l’âge = 0.54, IC 95% 0.40–0.74). La PCR quantitative a validé son adaptabilité en milieu hospitalier. Ce modèle prédictif constitue une avancée prometteuse pour l’optimisation de la gestion des patients COVID-19

L’identification de biomarqueurs influençant la cinétique d’infection par le SARS-CoV-2 est essentielle pour optimiser le diagnostic et les stratégies thérapeutiques de la maladie COVID-19 sévère. En appliquant un modèle mathématique simple aux dynamiques de l’ARN viral plasmatique (vRNA) chez 256 patients hospitalisés, cette étude a révélé que les taux de clairance distinguent les profils de progression de la maladie. De plus, une forte corrélation a été observée entre la cinétique du vRNA et les concentrations plasmatiques du récepteur des produits de glycation avancée (RAGE), un biomarqueur de lésions pulmonaires, suggérant que RAGE pourrait servir d’indicateur substitutif pour classifier les patients gravement atteints. Ces résultats soulignent l’intérêt des modèles mathématiques pour décrypter les mécanismes de la COVID-19 et orienter les interventions visant à accélérer l’élimination virale.