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Pour identifier les protéines circulantes influençant la susceptibilité et la gravité du COVID-19, nous avons mené une étude de randomisation mendélienne (RM) à deux échantillons, analysant rapidement des centaines de protéines circulantes tout en réduisant les biais dus à la causalité inversée et aux confusions. Dans un échantillon de 14 134 cas et 1,2 million de témoins, nous avons observé qu’une augmentation d’une unité d’écart-type des niveaux de OAS1 était associée à une réduction de la mortalité ou de la ventilation en raison de la COVID-19 (odds ratio (OR) = 0,54, P = 7 × 10^-8), des hospitalisations (OR = 0,61, P = 8 × 10^-8) et de la susceptibilité (OR = 0,78, P = 8 × 10^-6). Une étude de cas-témoins réalisée auprès de 504 individus a confirmé que des niveaux plus élevés de OAS1 plasmatiques en état non infectieux étaient associés à une réduction de la susceptibilité et de la gravité de la COVID-19. Des analyses supplémentaires ont suggéré qu’un isoforme néandertalien de OAS1 dans les individus d’ascendance européenne conférait cette protection. Ainsi, les données issues de la RM et de l’étude cas-témoins soutiennent un rôle protecteur de OAS1 contre les issues graves de la COVID-19, et des agents pharmacologiques augmentant les niveaux de OAS1 pourraient être priorisés pour le développement de médicaments.

Les niveaux accrus de vitamine D, mesurés par le 25-hydroxyvitamine D (25OHD), ont été suggérés comme un facteur protecteur contre la COVID-19, mais les études observationnelles sont sujettes à des biais de confusion. Cette étude a utilisé la randomisation mendélienne (MR) pour évaluer l’effet causal des niveaux circulants de 25OHD sur la susceptibilité et la sévérité du COVID-19. À partir des données génétiques de 443 734 individus, aucun lien significatif n’a été observé entre une augmentation génétiquement déterminée des niveaux de 25OHD et le risque d’infection, d’hospitalisation ou de forme sévère de COVID-19. Ces résultats, confirmés par plusieurs analyses de sensibilité, suggèrent que la supplémentation en vitamine D ne constitue pas une stratégie efficace de prévention ou de traitement de la COVID-19, et que d’autres approches thérapeutiques devraient être priorisées dans les essais cliniques.

Cet article propose une approche en trois volets pour le consentement à la biobanque dans la recherche sur la COVID-19, reliant les patients COVID-19, les patients atteints de maladies respiratoires/infectieuses et les participants à des études longitudinales. Il explore différentes stratégies de consentement et décrit un modèle d’accès aux échantillons et données, adaptable aux cadres juridiques locaux. L’objectif est de créer une infrastructure de recherche favorisant une science ouverte, transparente et robuste pour mieux comprendre et répondre à la pandémie.

Cette étude examine l’impact de la déshydratation sur la réponse physiologique d’estivation et ses implications pour la COVID-19. En analysant 374 patients des soins intensifs d’Uppsala et 1052 patients de la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), les résultats montrent que la déshydratation aiguë est corrélée à une augmentation des osmolytes organiques et à des complications graves. La déshydratation est plus fortement liée aux symptômes physiques du long COVID qu’aux symptômes mentaux. L’analyse métabolomique révèle une augmentation des acides aminés, suggérant une dégradation protéique associée à l’estivation.

L’infection sévère par le virus SARS-CoV-2 entraîne des modifications importantes des protéines immunitaires circulantes, mais leur dynamique temporelle et leur rôle causal restent mal compris. Dans cette étude, l’abondance de 147 protéines immunitaires a été mesurée dans deux grandes cohortes hospitalières au Canada et aux États-Unis. Parmi elles, 69 présentaient des différences significatives entre les cas sévères nécessitant une assistance respiratoire et les contrôles. L’analyse a révélé trois grands groupes de protéines fortement corrélées, rendant difficile l’identification des acteurs causaux directs de la sévérité de la maladie. Par ailleurs, cinq protéines ont montré des différences selon le sexe, dont trois (CCL26, IL1RL2 et IL3RA) étaient également associées à des formes sévères de COVID-19, offrant un éclairage sur les disparités de pronostic entre hommes et femmes. Ces résultats mettent en évidence des protéines immunitaires étroitement liées à la sévérité de la COVID-19 et ouvrent la voie à une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents à l’évolution de la maladie

Cette étude explore les mécanismes pathophysiologiques sous-jacents à l’insuffisance rénale aiguë (AKI) associée à la COVID-19, en utilisant la protéomique pour identifier des marqueurs de la fonction rénale à court et long terme. Dans une cohorte de découverte (n = 437), environ 4000 protéines plasmatiques ont été mesurées, révélant 413 protéines avec des niveaux plasmatiques élevés et 40 avec des niveaux faibles associés à l’AKI liée à la COVID (p ajusté < 0,05). Parmi celles-ci, 62 protéines ont été validées dans une cohorte externe (n = 261). L’étude montre que l'AKI est liée à des marqueurs de lésion tubulaire (NGAL) et lésion du myocarde. De plus, 25 de ces protéines sont significativement associées à une diminution de la filtration glomérulaire, notamment des protéines comme la desmocolline-2 et la cystatine-C, indiquant une dysfonction tubulaire. Les résultats suggèrent que l’insuffisance rénale aiguë et à long terme dans la COVID-19 est liée à des processus multifactoriels, notamment l'instabilité hémodynamique et les lésions myocardiques.

Une analyse de 782 échantillons plasmatiques de 318 patients hospitalisés a permis d’identifier quatre sous-groupes de patients atteints de COVID-19. Les patients gravement malades sous ventilation mécanique se divisent en clusters à bon pronostic et à forte mortalité, tandis que les survivants non critiques sont séparés selon leurs réponses d’anticorps précoces. Le cluster à forte mortalité est enrichi en signatures transcriptomiques liées à la sévérité de la COVID-19. Les clusters critiques et non critiques avec des réponses d’anticorps retardées présentent des signatures d’IFN soutenues, négativement corrélées avec les niveaux d’IgG spécifiques à la RBD et la fréquence des cellules B et CD4+ spécifiques au SARS-CoV-2. Ces résultats suggèrent que le « paradoxe de l’IFN », observé dans des modèles murins, est également actif dans le COVID-19, avec un excès de signalisation d’IFN retardant l’immunité adaptative spécifique au virus.

Cette étude explore les mécanismes de la COVID longue en analysant l’expression génétique sanguine de 24 patients hospitalisés pour COVID-19, avec un suivi de 4 à 12 semaines après leur sortie. Les patients sans symptômes persistants ont montré une régulation plus marquée des gènes inflammatoires et de la coagulation, tandis que ceux souffrant de COVID longue présentaient deux profils distincts : une inflammation/coagulation soit persistante (Unresolved), soit inhibée (Suppressive). Trois endotypes ont ainsi été identifiés et validés dans une cohorte externe, permettant une classification clinique potentielle via des signatures génétiques spécifiques. Ces résultats ouvrent la voie à une prise en charge personnalisée de la COVID longue.

Cette étude explore le rôle de la taurine plasmatique dans la COVID longue (post-COVID condition ou PCC) en analysant le profil métabolique et protéomique de 117 patients hospitalisés pour COVID-19, comparés à 28 témoins sains. Des niveaux élevés de taurine sont associés à une réduction des symptômes du PCC et des événements cliniques indésirables, indépendamment de la sévérité initiale de l’infection. L’augmentation de la taurine entre la phase aiguë et la convalescence est corrélée à une protection significative. Ces résultats suggèrent que la taurine pourrait être un biomarqueur prédictif et une cible thérapeutique à explorer pour la COVID longue.

Cette étude explore l’utilisation de 4701 protéines circulantes pour prédire la sévérité de la COVID-19 dans deux cohortes indépendantes totalisant 986 individus. Les modèles de prédiction intégrant les abondances protéiques et les facteurs de risque cliniques ont permis de prédire la sévérité du COVID-19 avec une aire sous la courbe (AUC) de 88% dans la cohorte d’entraînement et de 86% dans la cohorte de test. Les protéines sélectionnées étaient principalement associées aux cytokines et récepteurs de cytokines, mais plus de la moitié des voies enrichies n’étaient pas liées au système immunitaire. Ces résultats suggèrent que la mesure des protéines circulantes en début de progression de la maladie peut être un bon indicateur de la sévérité du COVID-19, bien que des recherches supplémentaires soient nécessaires pour intégrer cette mesure en pratique clinique.