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Cette étude a comparé les profils immunitaires des patients hospitalisés pour une infection aiguë par le SARS-CoV-2 avec ceux de patients atteints d’autres maladies aiguës et de témoins sains. À l’aide de la cytométrie en flux, plusieurs dysrégulations des sous-ensembles de cellules immunitaires ont été observées, notamment une diminution des proportions de cellules T, qui étaient similaires entre l’infection par le SARS-CoV-2 et d’autres maladies aiguës. Cependant, des différences spécifiques ont été identifiées dans les sous-ensembles myéloïdes et lymphocytaires, associées au statut SARS-CoV-2, telles qu’une proportion élevée de neutrophiles matures/activés ICAM-1+, de monocytes ALCAM+ et de cellules T CD8+CD38+. Certaines altérations immunitaires spécifiques au SARS-CoV-2 ont montré des corrélations avec la sévérité de la maladie, l’issue clinique à 30 jours et la mortalité. Ces résultats fournissent une compréhension des dysrégulations immunitaires spécifiquement liées à l’infection par le SARS-CoV-2 et ouvrent la voie au développement de biomarqueurs pour stratifier les patients COVID-19 à risque de mauvais pronostic, tout en mettant en lumière des cibles thérapeutiques potentielles.

Pour identifier les protéines circulantes influençant la susceptibilité et la gravité du COVID-19, nous avons mené une étude de randomisation mendélienne (RM) à deux échantillons, analysant rapidement des centaines de protéines circulantes tout en réduisant les biais dus à la causalité inversée et aux confusions. Dans un échantillon de 14 134 cas et 1,2 million de témoins, nous avons observé qu’une augmentation d’une unité d’écart-type des niveaux de OAS1 était associée à une réduction de la mortalité ou de la ventilation en raison de la COVID-19 (odds ratio (OR) = 0,54, P = 7 × 10^-8), des hospitalisations (OR = 0,61, P = 8 × 10^-8) et de la susceptibilité (OR = 0,78, P = 8 × 10^-6). Une étude de cas-témoins réalisée auprès de 504 individus a confirmé que des niveaux plus élevés de OAS1 plasmatiques en état non infectieux étaient associés à une réduction de la susceptibilité et de la gravité de la COVID-19. Des analyses supplémentaires ont suggéré qu’un isoforme néandertalien de OAS1 dans les individus d’ascendance européenne conférait cette protection. Ainsi, les données issues de la RM et de l’étude cas-témoins soutiennent un rôle protecteur de OAS1 contre les issues graves de la COVID-19, et des agents pharmacologiques augmentant les niveaux de OAS1 pourraient être priorisés pour le développement de médicaments.

Les niveaux accrus de vitamine D, mesurés par le 25-hydroxyvitamine D (25OHD), ont été suggérés comme un facteur protecteur contre la COVID-19, mais les études observationnelles sont sujettes à des biais de confusion. Cette étude a utilisé la randomisation mendélienne (MR) pour évaluer l’effet causal des niveaux circulants de 25OHD sur la susceptibilité et la sévérité du COVID-19. À partir des données génétiques de 443 734 individus, aucun lien significatif n’a été observé entre une augmentation génétiquement déterminée des niveaux de 25OHD et le risque d’infection, d’hospitalisation ou de forme sévère de COVID-19. Ces résultats, confirmés par plusieurs analyses de sensibilité, suggèrent que la supplémentation en vitamine D ne constitue pas une stratégie efficace de prévention ou de traitement de la COVID-19, et que d’autres approches thérapeutiques devraient être priorisées dans les essais cliniques.

Cet article propose une approche en trois volets pour le consentement à la biobanque dans la recherche sur la COVID-19, reliant les patients COVID-19, les patients atteints de maladies respiratoires/infectieuses et les participants à des études longitudinales. Il explore différentes stratégies de consentement et décrit un modèle d’accès aux échantillons et données, adaptable aux cadres juridiques locaux. L’objectif est de créer une infrastructure de recherche favorisant une science ouverte, transparente et robuste pour mieux comprendre et répondre à la pandémie.

Cette étude examine l’impact de la déshydratation sur la réponse physiologique d’estivation et ses implications pour la COVID-19. En analysant 374 patients des soins intensifs d’Uppsala et 1052 patients de la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), les résultats montrent que la déshydratation aiguë est corrélée à une augmentation des osmolytes organiques et à des complications graves. La déshydratation est plus fortement liée aux symptômes physiques du long COVID qu’aux symptômes mentaux. L’analyse métabolomique révèle une augmentation des acides aminés, suggérant une dégradation protéique associée à l’estivation.

L’infection sévère par le virus SARS-CoV-2 entraîne des modifications importantes des protéines immunitaires circulantes, mais leur dynamique temporelle et leur rôle causal restent mal compris. Dans cette étude, l’abondance de 147 protéines immunitaires a été mesurée dans deux grandes cohortes hospitalières au Canada et aux États-Unis. Parmi elles, 69 présentaient des différences significatives entre les cas sévères nécessitant une assistance respiratoire et les contrôles. L’analyse a révélé trois grands groupes de protéines fortement corrélées, rendant difficile l’identification des acteurs causaux directs de la sévérité de la maladie. Par ailleurs, cinq protéines ont montré des différences selon le sexe, dont trois (CCL26, IL1RL2 et IL3RA) étaient également associées à des formes sévères de COVID-19, offrant un éclairage sur les disparités de pronostic entre hommes et femmes. Ces résultats mettent en évidence des protéines immunitaires étroitement liées à la sévérité de la COVID-19 et ouvrent la voie à une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents à l’évolution de la maladie

Cette étude explore l’influence des facteurs génétiques sur la sévérité de la COVID-19, en particulier chez les patients asthmatiques. En analysant 2131 échantillons de la Biobanque québécoise de la COVID-19 (BQC19), dont 1499 cas positifs, les chercheurs ont identifié sept variantes génétiques associées aux formes sévères de la maladie, impliquant notamment les gènes SCN10A, DSP, RP1, IGFL1 et DOK5. Chez les patients asthmatiques atteints de formes sévères, quatre autres variants ont été trouvés dans les gènes TMEFF2 et HIP1. Ces résultats contribuent à une meilleure compréhension des facteurs génétiques influençant la gravité de la COVID-19.

L’analyse des facteurs génétiques de l’hôte permet de mieux comprendre la sévérité et la susceptibilité à la COVID-19. Cette étude présente une mise à jour de l’étude d’association pangénomique (GWAS) du COVID-19 Host Genetic Initiative, incluant jusqu’à 219 692 cas et plus de 3 millions de témoins. Elle identifie 51 loci significatifs, dont 28 nouveaux, impliqués dans trois voies biologiques majeures : l’entrée virale, la défense des voies respiratoires et la réponse interféron de type I. Ces découvertes affinent notre compréhension des mécanismes génétiques influençant la maladie et ouvrent des pistes pour le développement thérapeutique.

Une analyse de 782 échantillons plasmatiques de 318 patients hospitalisés a permis d’identifier quatre sous-groupes de patients atteints de COVID-19. Les patients gravement malades sous ventilation mécanique se divisent en clusters à bon pronostic et à forte mortalité, tandis que les survivants non critiques sont séparés selon leurs réponses d’anticorps précoces. Le cluster à forte mortalité est enrichi en signatures transcriptomiques liées à la sévérité de la COVID-19. Les clusters critiques et non critiques avec des réponses d’anticorps retardées présentent des signatures d’IFN soutenues, négativement corrélées avec les niveaux d’IgG spécifiques à la RBD et la fréquence des cellules B et CD4+ spécifiques au SARS-CoV-2. Ces résultats suggèrent que le « paradoxe de l’IFN », observé dans des modèles murins, est également actif dans le COVID-19, avec un excès de signalisation d’IFN retardant l’immunité adaptative spécifique au virus.

Cette étude explore les mécanismes de la COVID longue en analysant l’expression génétique sanguine de 24 patients hospitalisés pour COVID-19, avec un suivi de 4 à 12 semaines après leur sortie. Les patients sans symptômes persistants ont montré une régulation plus marquée des gènes inflammatoires et de la coagulation, tandis que ceux souffrant de COVID longue présentaient deux profils distincts : une inflammation/coagulation soit persistante (Unresolved), soit inhibée (Suppressive). Trois endotypes ont ainsi été identifiés et validés dans une cohorte externe, permettant une classification clinique potentielle via des signatures génétiques spécifiques. Ces résultats ouvrent la voie à une prise en charge personnalisée de la COVID longue.